南方醫科大學繼續教育學院前身為第一軍醫大學繼續教育處，成立于1999年，2004年學校轉制后，更名為繼續教育學院。學院現下設四個科室，辦公室、學歷教育科、培訓科和自考科，編制15人，主要負責繼續教育、培訓、畢業后醫學教育、成人教育、自學考試等工作。是國家教育部培訓基地、國家人社部國家級繼續教育基地、國家衛計委首批專科醫師規范化培訓試點單位、中華醫學會醫學教育分會成人教育學組組長單位、廣東省住院醫師規范化培訓考試中心，每年舉辦國家級和省級繼續教育項目100余項。學院教學設施完備，建立了集教室、學生宿舍、會議室、培訓公寓于一體的培訓保障體系。